Ki-wook Lee

- Babysitting (aka Trial & Error)

  • “시행 착오”라고도 하며, 한땀 한땀 파라미터를 순차적으로 바꾸어가면서 진행한다.

- Grid Search

  • N차원 n = (learning_rate, dropout_rate, batch_size)에서 그리드를 정의하고, 각 맵은 hyperparameters에 매핑된다.
  • 각 차원에 대해 가능한 값의 범위를 정의한다. e.g. batch_size = [4,8,16]
  • 가능한 모든 구성을 검색하고 결과가 최상의 조합이될 때까지, 이를 반복한다.

- Random Search

  • 최적의 hyperparameters를 보장하지 않지만, Grid search에 비해 low cost를 갖는다.
  • Grid search와 마찬가지로, 이전 search 결과와 독립적이다.

- Bayesian optimization

  • Bayesian optimization workflow, 하이퍼 파라미터 구성에 대한 모델을 만들고, 모델을 업데이트해가며 최적의 값을 찾는다.

--

--

[CRISPR] 유전자 가위 절단 복구 방법 (DNA repair after CRISPR cutting)

https://blog.addgene.org/pitching-mmej-as-an-alternative-route-for-gene-editing
  • 원핵생물
  1. 유전자가위를 이용하여 유전체를 절단할 경우, NHEJ (Non Homologous End Joining)을 이용하지 못하여 죽음.
  2. 대신, Homology-directed repair (HDR)은 가능하여, donor DNA를 넣어주면 Homologous recombination (HR)을 이용하여 살 수 있음. [Shuman and Glickman, 2007]
  • 진핵생물
  1. 반면, 진핵 생물은 NHEJ를 이용한 자가 복구가 가능함.
  2. NHEJ에 의해 복구가 진행하는 동안 유전체 서열의 결실, 추가, 치환이 이루어져 유전자 기능 상실 또는 유전자 기능 교정을 가능케 함.
  3. NHEJ는 일반적으로 복구를 하기 위해 microhomology 을 사용하여, 원형과 다른 염기서열로 복구되는 경향이 있음.
  4. NHEJ를 할수 없는 상황에서 Microhomology-mediated end joining (MMEJ) 방법을 통해 복구.
  5. MMEJ의 경우, microhomology를 기준으로 복구가 된. Double-strand breaks(DSB)의 말단부에 단일가닥상태로 microhomology가 노출되어 있다는 점에서, NHEJ와의 차이를 보임.
  6. MMEJ로 복구되는 경우, 양쪽 microhomology 사이에 있는 DNA 서열은 결실됨.

--

--

[CRISPR] CRISPR/Cas9 and Cas12a 소개 (Introduction to CRISPR/Cas9 and Cas12a)

https://sg.idtdna.com/pages/products/crispr-genome-editing
  • Crispr/Cas9 소개
  1. Crispr/Cas9은 crRNA와 tracrRNA가 Cas9과 조합을 이룸.
  2. crRNA에 존재하는 간격서열은 PAM (protospacer-adjacent motif) 서열 앞쪽에 위치하는 표적염기서열을 인식해서 상보적으로 결합.
  3. crRNA의 반대쪽 부분은 tracrRNA와 결합.
  4. RNA-DNA hetero triplex 구조를 이루어, Cas9 단백질이 인식하게 되고, 결합내에 존재하는 표적염기서열을 절단하게 됨.
  • Crispr/Cas12a (Cpf1) 소개
  1. Crispr/Cas12a는 tracrRNA를 사용하지 않고, crRNA를 그대로 Cas12a에 의해서 pre-crRNA가 mature 타입으로 발전됨.
  2. CRISPR array는 27~32 염기쌍의 spacer들이 36 염기쌍의 반복서열과 존재하게 됨.
  3. 처음에는 array 전체가 한가닥의 RNA로 전사되며, 5'에 반복서열인 handle이 있어, handle에 Cas12a가 결합하게 됨.
  4. Mature crRNA는 약 43 nt 길이이며, 5’ 쪽의 약 19 nt 반복서열 부분과 바로 이어오는 약 20–24 nt의 목표 서열 부분으로 이루어짐.

--

--